São funções básicas da Secretaria de Estado de Projetos Estratégicos - SEPE:
I - planejar, propor e executar, com a intermediação dos demais órgãos estaduais, a elaboração e a realização de ações, programas e projetos de interesse estratégico no Estado;

II - atuar, em ação coordenada com os demais órgãos estaduais, na mobilização de agentes sociais e econômicos e organismos especializados, em torno da identificação de demandas e da formulação e elaboração de ações, programas e projetos estratégicos de cunho setorial, espacial e ambiental;

III - monitorar, em conjunto com a Secretaria de Estado de Governo e a Secretaria de Estado de Integração Regional, com a intermediação dos demais organismos estaduais envolvidos, a realização e os resultados decorrentes da implementação das ações, programas e projetos estratégicos e seus resultados, mediante sistema de acompanhamento e avaliação de indicadores de desempenho existentes e outros que venham a ser desenvolvidos ou instituídos;

IV - promover a captação de recursos nacionais e internacionais, públicos e/ou privados, para a elaboração de estudos, a formulação e realização de ações, programas e projetos de interesse estratégico para o Estado;

V - conduzir a execução do Programa PARÁ RURAL, em conformidade com a Lei n° 6.797, de 16 de novembro de 2005;

VI - Atuar como gestora do BANCO DO PRODUTOR, em conformidade com a Lei n° 6.345, de 28 de dezembro de 2000;

VII - Promover em conjunto com a Escola de Governo cursos de capacitação em desenvolvimento de projetos para os integrantes da Secretaria de Estado de Projetos Estratégicos e demais Secretarias; podendo, através de convênios e acordos, estender aos municípios e demais parceiros interessados em participar dos cursos.